ระบบท่อต่างๆเมื่อผ่านการใช้งาน อยู่ช่วงระยะเวลาหนึ่งจะเกิดการจับตัวของ Biofilm ซึ่งเป็นแหล่งอาศัยและเจริญเติบโตของเชื้อโรค, แบคทีเรีย, ไวรัส ขึ้นในระบบท่อลำเลียง ซึ่งก่อให้เกิดปัญหาต่างๆในขบวนการผลิต เช่น อัตราการไหลของของเหลวลดลง ทำให้สิ้นเปลืองพลังงาน เป็นต้น การทำงานของระบบ Cooling Tower เริ่มจากการดึงน้ำเย็นจาก Cooling Tower มาผ่าน เครื่องจักร หรือ Condenser เพื่อให้น้ำเย็น ได้แลกเปลี่ยนความร้อนกับอุปกรณ์ระบายความร้อนของเครื่องจักร จากนั้นน้ำเย็นจะมีอุณหภูมิสูงขึ้นกลายเป็นน้ำอุ่น และจะถูกส่งกลับไปยัง Cooling Tower อีกทีหนึ่งเพื่อฉีดลงมาเป็นฝอย ในทิศทางสวนทางกันกับการเคลื่อนที่ขึ้นด้านบนของอากาศจากพัดลมดูดอากาศ เป็นผลให้น้ำอุ่นถ่ายเทความร้อนให้กับอากาศ และน้ำบางส่วนจะกลายเป็นไอ ซึ่งการกลายเป็นไอนี้จะดูดความร้อนจากน้ำที่เหลือออกไปด้วย ทำให้น้ำที่เหลือมีอุณหภูมิเย็นลงกลายเป็นน้ำเย็น ส่งไปยัง เครื่องจักร และ Condenser อีกครั้งหนึ่ง ในระหว่างที่น้ำอุ่นถูกฉีดลงมาเป็นฝอยจะมีการสูญเสียของน้ำจากลม พัดพาละอองน้ำออกไปในบริเวณรอบๆ (Drift Losses)และจากการกลายเป็นไอของน้ำ (Evaporation Losses) เมื่อน้ำในระบบ Cooling Tower สูญเสียไปมากๆ ทำให้ความเข้มข้นของแร่ธาตุในน้ำจะสูงขึ้น ทำให้โอกาสที่จะเกิดตะกรันมีมากขึ้น จำเป็นต้องปล่อยน้ำในระบบทิ้ง (Blow down) และเติมน้ำใหม่ (Make up) เพื่อให้ความเข้มข้นของแร่ธาตุในน้ำต่ำลง
ควรระวังละอองน้ำจาก Cooling Tower ที่ใช้ระบบปรับอากาศขนาดใหญ่จะมีแบคทีเรียชนิดหนึ่งที่เรียกว่า “Legionella หรือ ลีจิโอแนลล่า” ซึ่งทำให้เกิดโรคทางเดินหายใจได้ หากถึงขั้นรุนแรง ก็อาจจะทำให้เสียชีวิตได้
การเกิดเชื้อโรค (Biofilm) และตะไคร่น้ำ (Algae) จะมีผลทำให้ประสิทธิภาพการทำงานของ Heat Exchanger ลดลงและทำให้ต้องล้าง คูลลิ่ง ทาวเวอร์ บ่อย โดยจุลชีพที่เกิดขึ้นนี้จะเป็นพวกสาหร่าย ตะไคร่น้ำ หรือพืชอื่น ๆ ที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติเนื่องจากได้รับแสงสว่างและอากาศ โดยเฉพาะสาหร่ายจะทำการสังเคราะห์แสง และปล่อยออกซิเจนออกมาเป็นตัวเร่งให้เกิดการกัดกร่อนมากยิ่งขึ้น และในปัจจุบันทำให้เกิดเชื้อโรคที่ทางกรมอนามัยได้ประกาศเตือนสำหรับหอผึ่งเย็นได้แก่ เชื้อลีจีโอเนลลา ซึ่งจะเกิดโรคลีเจียแนร์ ในทางเดินหายใจส่วนล่าง นอกจากนี้เชื้อแบคทีเรียหรือจุลชีพต่าง ๆ หรือแม้แต่สาหร่ายและตะไคร่น้ำที่เกิดขึ้นเมื่อมีบางส่วนตายจะหลุดและลอยเข้าไปในท่อน้ำที่มีการหมุนเวียน ทำให้เกิดการขัดขวางต่อการหมุนเวียนของน้ำและการถ่ายเทความร้อนได้ การเกิดราเมือก ซึ่งมีสาเหตุมาจากแบคทีเรียจากน้ำในระบบและน้ำ Make up รวมทั้งสภาวะที่มีแสงแดดพอเหมาะสำหรับการเติบโตของแบคทีเรีย การกัดกร่อนที่เกิด
